（一）貨物運輸業務稅負大幅增加

    從我們了解的情況看，物流企業從事倉儲、貨代等“物流輔助服務”，其稅收負擔基本持平或增加不多，多數企業可通過內部降本增效等措施自行消化。裝卸搬運服務和貨物運輸服務從3%的營業稅稅率調整為11%的增值稅稅率，上調幅度較大。特別是貨物運輸服務是物流企業最基本的服務，且實際可抵扣項目較少，導致試點后企業實際稅負大幅增加。如，上海德邦物流有限公司1月份實際稅負比營業稅稅負上升約3.4個百分點，增幅高出1倍還多；上海佳吉快運有限公司1~2月由營業稅實際負擔率1.63%，上升到增值稅實際負擔率4.71%，上升189%；上海中遠物流公司1月份實際負擔率增加215%。

    僅看部分企業1月份稅負情況，也許不具代表性，但與我們此前模擬測算結果基本吻合。據2011年3月我會對65家大型物流企業的調查，2008~2010年3年年均營業稅實際負擔率為1.3%，其中貨物運輸業務負擔率平均為1.88%。實行增值稅后，即使貨物運輸企業發生的可抵扣購進項目實務中全部可以取得增值稅專用發票進行進項稅額抵扣，實際增值稅負擔率也會增加到4.2%，上升幅度為123%。

    造成這一狀況的主要原因：一是貨物運輸業務增值稅稅率偏高；二是可抵扣進項稅額偏少。改征增值稅后，交通運輸企業可抵扣的項目主要為購置運輸工具和燃油、修理費所含的進項稅。由于運輸工具購置成本高、使用年限長 （尤其是船舶，使用年限可達20年以上），多數相對成熟的大中型企業，未來幾年或更長時間不可能有大額資產購置，因此實際可抵扣的固定資產所含進項稅很少。在貨物運輸業務中，燃油、修理費等可抵扣進項稅的成本在總成本中所占比重不足40%，即使全部可以取得增值稅專用發票并進行進項稅額抵扣，實際負擔率也會顯著增加。此外，人力成本、路橋費、房屋租金、保險費等主要成本均不在抵扣范圍，也是稅負增加的重要原因。

    貨物運輸業是充分競爭的行業，平均利潤率只有3%左右。稅負增加的結果，一方面進一步擠壓企業利潤，影響行業發展；一方面在自身難以消化的情況下，必然引起運價上漲，從而推高物價。這樣的結果，顯然有違《試點方案》中，關于“改革試點行業總體稅負不增加或略有下降”的指導思想。2012年年初，上海市出臺《關于實施營業稅改征增值稅試點過渡性財政扶持政策的通知》 （滬財稅 [2012]5號），對上海市“營改增”試點過程中因新老稅制轉換而產生稅負有所增加的試點企業實施過渡性財政扶持政策，也反映了部分行業稅負增加較多的現實。但從長期來看，不能依靠過渡性財政扶持政策根本解決企業稅負大幅增加的現實問題。

    （二）物流業務各環節稅率不統一問題仍未解決

    我國現行營業稅制度將物流業務劃分為交通運輸業與服務業兩類稅目，運輸、裝卸、搬運稅率為3％，倉儲、配送、代理等稅率為5％。物流業務各環節稅目不統一、稅率不相同、發票不一致，是多年來困擾物流業發展的政策瓶頸。

    為此，“國九條”明確指出：“要結合增值稅改革試點，盡快研究解決倉儲、配送和貨運代理等環節與運輸環節營業稅稅率不統一的問題。”而《試點方案》依舊對物流業設置了“交通運輸服務”和“物流輔助服務”兩類應稅服務項目，交通運輸服務按照11%的稅率，物流輔助服務按照6%的稅率征收增值稅。

    整合各類物流資源，實行供應鏈管理，一體化運作，開展一票到底業務、一站式服務，是物流企業基本的運作模式，也是客戶普遍的服務要求。在實際經營中，各項物流業務上下關聯，很難區分運輸服務與物流輔助服務，人為劃分不僅不適應現代物流一體化運作的需要，也增加了稅收征管工作的難度。

    （三）操作過程中還有一些具體問題亟待明確

    一是快遞企業適用稅率仍不明確。在現行營業稅體制下，由于對政策理解和掌握尺度不盡一致，各地基層稅務機關對快遞業營業稅稅目的認定上存在差異。分別有交通運輸業、貨代業、郵電通信業等3種不同的身份認定。征管標準不統一，是長期困擾快遞企業的政策問題。但是由于在營業稅體制下，稅收差異不大，矛盾并未凸顯。“營改增”試點后，試點地區稅務機關實際操作中是依據原營業稅納稅稅目來確定試點納稅人。這次被認定為試點納稅人的快遞企業，多數按照交通運輸業納稅人對待，適用11%的增值稅稅率。有的快遞企業不在試點范圍之內，依舊按照郵電通信業繳納營業稅。這樣，不僅造成同業間適用稅目不一致，而且稅負差異較大，導致同類企業稅負不公。快遞業屬于勞動密集型企業，人力成本占總成本比重較高，可以抵扣的項目更少。如按交通運輸業11%稅率征收增值稅，稅負將大幅增加。

    二是物流企業集團及其分、子公司無法合并繳納增值稅。《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點實施辦法》第七條規定：“兩個或兩個以上納稅人，經財政部和國家稅務總局批準可以視為一個納稅人合并納稅。”2011年12月30日，財政部、國家稅務總局發布《關于中國東方航空公司執行機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法的通知》 （財稅[2011]132號），允許中國東方航空公司及其分、子公司合并繳納增值稅。

    由于一體化運作、網絡化經營的需要，物流企業普遍采用總部統一采購運輸工具、分公司實際運營的方式，造成分公司可抵扣進項稅額很少，而總部形成大量進項稅留底的情況。又如，同一集團下屬內部貨代公司向運輸公司采購大量運力，貨代公司按照6%繳納增值稅，取得的運費增值稅發票可按照11%抵扣，貨代公司可能形成大量進項稅留底；而運輸公司稅率由3%提高到11%，稅負大幅增加。如允許集團化的物流企業合并繳納增值稅，將平衡集團內稅收負擔，支持物流企業向大型化、集團化發展。

    三是增值稅發票征管問題。物流企業與傳統生產制造企業的業務模式和客戶類型差異較大，有些物流企業 （如，貨物運輸代理服務、代理報關服務、倉儲服務和裝卸搬運服務等）開票金額小、頻率高、數量大。如，中外運長航集團下屬華東公司，每月開具發票約2.5萬份，取得的發票則超過10萬份。物流企業在發票的購買、開具、比對等方面工作量太大，不僅企業增加了人力成本，也給稅務機關增值稅發票征管工作帶來很大不便。

    四是現行的增值稅會計核算方法不符合行業特點。多年來，物流業等現代服務業形成了自身會計核算方法。《上海市財政局關于本市營業稅改征增值稅試點有關差額征稅會計處理的通知[試行]》 （滬財會[2012]8號）對試點納稅人會計核算作了規定，要求物流企業確認收入成本的同時確認增值稅額。在實際業務中，物流企業收入成本確認方式，開具發票和取得發票的時點與原增值稅一般納稅人企業不盡相同，該文件實務中難以操作。同時，大部分大型物流企業已經形成了差額納稅的財務處理流程，企業賬務系統改造和會計核算調整需要一定的時間和資金投入。